死海文書は 1947 年にベドウィンの 3 人の羊飼いがクムランと 呼ばれている地域で全く偶然に発見したとされている。 クムランは死海の北西に位置している。 彼らのうち一人が断崖から洞穴に石を投げ込んでいたら、何かが 割れるような音がしたというのである。 彼は何日かしてから、その洞穴に忍び込んだところ、中で縦長の 陶器の壷を発見する。 その中の幾つかには写本が入っていた。 これが後に死海文書、または死海写本と呼ばれることになる 最古の聖書の写本及び、関連文書の一部であった。
その後、この文書は古物商の手に渡り、様々な経路を経て 人の手を渡っていく。 非常にもろくなっていた写本は、この段階でその幾つかは 破損によって永遠に失われてしまった。 また、売買交渉の失敗によって、未だに隠されて表に出て こない断片もあるいは存在するかもしれない。
ようやく、それらの写本がクムランで発見されたことを 知り得た研究者による大規模な調査がクムラン一帯で行われ、 新たな洞穴や写本が発見される。 しかし、幾つかの洞穴では、写本が金になることを知った者に よる盗掘が行われてしまった後だった。